A vacinação é a forma mais eficiente, prática e barata de prevenção da febre aftosa. Por isso, os produtores devem vacinar os  bovinos e búfalos, durante as campanhas de vacinação que ocorrem a cada seis meses, sempre em maio e novembro.

Outra forma importante de prevenção é o controle do trânsito de animais, visando impoedir que animais contaminados entrem no Estado. Por isso são feitas as fiscalizações do transporte de animais.